Lietuvių išeivijos institute saugomi bei tvarkomi fondai:
F.1 Broniaus Kviklio fondas
F.2 Vinco Rastenio fondas
F.3 Algimanto Mackaus knygų leidimo fondas
F.4 Jurgio Gimbuto fondas
F.5 Karolio Drungos – Jurgio Valiulio fondas
F.6 Vytauto Kamanto (PLB) fondas
F.7 Kęstučio Skrupskelio fondas
F.8 Adolfo Damušio fondas
F.9 Juozo Danio fondas
F.10 Henriko Žemelio fondas
F.11 Eduardo Turausko fondas
F.12 Aleksandro Štromo fondas
F.13 Metmenų žurnalo fondas
F.14 Santaros-Šviesos federacijos fondas
F.15 Akiračių fondas
F.16 Liūto Mockūno fondas
F.17 Kun. Vinco Valkavičiaus fondas
F.18 Dalios Sruogaitės fondas
F.19 Bronio Railos fondas
F.20 Aleksandro Vakselio fondas
F.21 Broniaus Bieliuko fondas
F.22 Leonardo Valiuko fondas
F.23 Vytauto Alanto fondas
F.24 Broniaus Nemicko fondas
F.25 Antano Juodvalkio fondas
F.26 Vinco Natkevičiaus fondas
F.27 Ugnės Karvelis fondas
F.28 Kun. Jono Petrošiaus fondas
F.29 Jurgio Janušaičio fondas
F.30 Lietuvių dienų fondas
F.31 Alfred Erich Senn fondas
F.32 Valdo Adamkaus fondas
F.33 Latvijos lietuvių bendruomenės fondas
F.34 Aniceto Simučio fondas
F.35 Antano Saulaičio fondas
F.36 Jono Norkaičio fondas
F.37 Tijūnėlių šeimos fondas
F.38 Adolfo Venskaus fondas
F.39 Anatolijaus Šluto fondas
F.40 Algimanto Kezio fondas
F.41 Algimanto Gurecko fondas
F.42 Urugvajaus lietuvių fondas
F.43 Britų-lietuvių pagalbos fondo vaikams Lietuvoje fondas
F.44 Vytauto Valiuko fondas
F.45 Prano Jogos fondas
F.46 Kazimiero Graužinio fondas
F.48 Australijos lietuvių skautų (Vytauto Vaitkaus fondas)
F.49 Vytauto Kavolio fondas
F.51 Pietų Amerikos ekspedicijos fondas
F.52 Didžiosios Britanijos lietuvių fondas
F.53 Algio Norvilo (II pasaulio lietuvių jaunimo kongreso) fondas
F.54 Prano Lapės fondas
F.55 Raimundo Mieželio fondas
F.56 Liudviko Šmulkščio fondas
F.57 Stasio Barzduko fondas
F.58 Vinco Mašalaičio fondas
F.60 Broniaus Vaškelio fondas
F.61 Tomo Remeikio fondas
F.62 Jono Valaičio fondas
F.63 Sisters of St. Casimir, Chicago fondas
F.64 Vytauto Zalatoriaus fondas
F.65 Isolde Ira Požėlaitės-Davis fondas
F.66 Broniaus Zumerio fondas
F.67 Renoldo Čėsnos fondas
F.68 ALTS (Tado Mečkausko) fondas
F.69 Salomėjos Valiukienės fondas
F.70 Įvairūs (Varios)
F.71 Eugenijaus Bartkaus fondas
F.72 Lidijos Šimkutės-Pocienės fondas
F.73 Janinos ir Antano Liutkų fondas
F.74 Juozo Giedraičio fondas
F.75 Stasio Sakalausko fondas
F.76 Rimo Česonio fondas
F.77 Jono Stundžios (Lietuvių tautinės katalikų bažnyčios) fondas
F.78 Algirdo Gamziuko fondas
F.79 Antano Skaisgirio fondas
F.80 Kazio Almeno fondas
F.81 Birutės Ciplijauskaitės fondas
F.82 Prel. Edmundo Putrimo (Užsienio lietuvių sielovados) fondas
F.88 Algio Kabailos fondas